Por indagaciones de Alejandro Cano se conoce que el templo San Juan Bautista de la ciudad de Puno, se mandó a construir en 1591 por el obispo de charcas, Fray Domingo de Santo Tomas, así lo dio a conocer el historiador puneño Rene Calsin.
Contó que la ciudad de Puno tuvo varios patronos durante la colonia y el primero fue San Juan Bautista, después fue San Luis y cuando se estableció una villa se tuvo como patrona a nuestra señora de la Concepción y San Carlos Borromeo. Mientras que a fines de la colonia se empoderó la virgen María de la Candelaria.
En otro momento, hizo recuerdo que el 5 de marzo de 1886 se desplomó el templo a consecuencia de un incendio y se tuvo que conformar comités de reconstrucción, pasado 25 años, es decir en 1911 se inauguró el templo con una arquitectura que permanece en la actualidad.
